Je réponds car j'ai trouvé une solution : dans le fichier work/doPubList.jsp, après la ligne de commentaire: "<%-- --- PUB / FIRST COL --------------------------- --%>"

J'ai modifié la génération des paramètres du script lancé lors d'un clic sur une publication pour la sélectionner afin de modifier l'URL du lien dans le cas d'une publication de type FileDocument :

<%
String urlPub = JcmsUtil.getDisplayUrl(itPub, userLocale);

if (request.getParameter("jsFunc") != null && !"".equals(request.getParameter("jsFunc"))) {					 
					  if (itPub instanceof FileDocument) {
						  FileDocument fileDoc = (FileDocument) itPub;
						  urlPub = fileDoc.getFilename(); 
					  }
				  }
				  %>	
                  <input type="radio" onclick="javascript:insertLink('<%= itPub.getId() %>', '<%= Util.encodeJavaScriptQuote(itPub.getTitle(userLang)) %>', '<%= urlPub %>')" />